Essa rejeição indica que o Certificado Digital utilizado para a assinatura do documento não está associado ao CNPJ do emitente, violando as normas estabelecidas pelo órgão autorizador.
Solução: Para corrigir essa situação, é necessário utilizar um Certificado Digital que esteja vinculado ao CNPJ correto do emitente no momento da emissão da NF-e. Certifique-se de que o Certificado Digital utilizado esteja de acordo com as informações cadastrais do emitente. Após a correção, o documento pode ser reenviado para processamento.
E possível utilizar o certificado da matriz para a emissão de documentos das suas respectivas filiais, desde que os primeiros 8 dígitos (raiz) do CNPJ sejam idênticos. Isso significa que, se a matriz e as filiais compartilham os mesmos 8 primeiros dígitos no CNPJ (que representam a raiz), o certificado digital associado à matriz pode ser utilizado para emitir documentos fiscais em nome das filiais.
Referência: Manual de Orientação ao Contribuinte (versão 6.00) – https://www.nfe.fazenda.gov.br