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Ao emitir uma NF-e é possível o cancelamento caso esteja dentro do prazo de 24 horas após a data/hora da emissão.
Uma opção é solicitar o cancelamento extemporâneo no Portal da Secretaria da Fazenda do seu Estado permitindo que realize o cancelamento da NF-e após o prazo permitido, porém poucas SEFAZ disponibilizam este recurso, caso não consiga realizar essa solicitação através do Portal pode tentar contato direto com o Órgão para avaliar a possibilidade de liberação para se fazer o Cancelamento.
Outra opção é a emissão de uma NF-e de Devolução, referenciando a NF-e que deveria ser cancelada. Isso fará com que os impostos sejam estornados não havendo cobrança dos mesmos.