Uma nota fiscal complementar é um tipo de documento que deve ser emitido para corrigir as diferenças nos valores, atualizando as informações conforme o que deveria ter sido registrado na nota fiscal original.
É possível utilizar a nota complementar numa exportação, quando necessário a correção sobre a cotação de moedas estrangeiras, também para correção quando o preço diverge da quantidade, e para correção de imposto.
Por exemplo, uma nota fiscal gerada com alíquota menor foi gerada com 12 e deveria ser com 17, na nota complementar é necessário colocar 5 complementando os 12 da nota original gerada, finalizando então com 17.
A nota complementar pode ser gerada como a original, com algumas pequenas mudanças para complementar, então no Sistema Gestão em Vendas > Notas Fiscais de Produtos > Pesquisar > Selecione a nota fiscal que precisa gerar a complementar > Clique em Duplicar.
1- Assim que duplicar, na aba Dados atualize a Natureza de Operação para NF COMPLEMENTAR. Também atualize as informações complementares no produto.

2- Na aba Outros, atualize a Finalidade de Emissão para 2- NF-e Complementar.

3- Clique em Notas Referenciadas, aqui será necessário referenciar a nota original.

4- Clique em Adicionar.

5- Informe a Chave de Acesso e clique em Salvar.

6- Chave de Acesso inserida, feche esta janela de Notas e Conhecimentos Referenciados.

7- Clique em Salvar.

8- Clique em Gerar.

Pronto! Você gerou uma nota fiscal complementar no Sistema.